In die erste Saison (1997/98) stieg man mit einer Aktivmannschaft, einem Damen-, zwei Junioren- und einem Juniorinnenteam. Trainer der Herrenmannschaft, welche in der untersten Liga (5. Liga) beginnen musste, war Luca Balduzzi. Die erste Saison beendete man auf dem guten 2. Tabellenplatz, verpasste aber damit den Aufstieg knapp. In der Folgesaison (1998/99) holte man dies dann aber nach: in 20 Saisonspielen gab es keine einzige Niederlage und man konnte so den Aufstieg in die 4. Liga feiern. Zudem schaffte man es sensationell bis in den Final des Schaffhauser Cups, wo man gegen den 3 Spielklassen höher spielenden FC Beringen nur knapp mit 1:0 verlor.

Auch eine Liga höher etablierte sich der Sporting Club schnell und schaffte in der Saison 1999/2000 den direkten Durchmarsch. Wiederum blieb man die ganze Saison ohne Niederlage und baute die Serie der Ungeschlagenheit auf über 50 Spiele aus.

Im Sommer 2003 übernahm Raphael Kräuchi das Präsidentenamt von Luca Balduzzi. Letzterer übernahm den Posten des Chefs Breitensport des Schweizerischen Fussballverbandes, weshalb es ihn nach Bern zog. An der Generalversammlung 2003 wurde Luca Balduzzi zum Ehrenpräsidenten ernannt. Ein Jahr später wurde Franz Kottmann zum Ehrenmitglied ernannt. Aus beruflichen Gründen musste auch er von seinem Amt als Vizepräsident zurücktreten. Hannes Wipf übernahm neu das Vizepräsidium.

Die Saison 2007/08 verlief nicht optimal für die 1. Mannschaft. Bereits früh in der Meisterschaft handelte man sich einen grossen Rückstand ein. Sicherlich positiv war, dass das Team während einer Serie von acht Spielen ungeschlagen blieb. Saisonhöhepunkt war ganz klar der Gewinn des Schaffhauser Cup. Vor zahlreichen Zuschauern konnte man einen Rückstand aufholen und den höherklassigen FC Beringen mit 2:1 bezwingen. Die Torschützen auf Seiten des Sporting Club hiessen damals Salvel und Winzeler. Dies war der erste SH-Cup Sieg bei der dritten Finalteilnahme im elften Anlauf.